微生物肥料和化學(xué)肥料是互補(bǔ)的關(guān)系。使用微生物肥料可以提高化肥的利用率，并且可以少用化肥。克服了土壤板結(jié)，漏水和漏肥缺點(diǎn)。在追求產(chǎn)出而不追求產(chǎn)品質(zhì)量的情況下，生物有機(jī)肥一般不宜全部替代化肥，成本較高。

如果考慮到農(nóng)田的持續(xù)發(fā)展，農(nóng)產(chǎn)品使用的肥料應(yīng)化肥，生物肥，有機(jī)肥混合使用。只使用化肥 既追求產(chǎn)量，又希望土壤繼續(xù)豐收。只能在富含大量有機(jī)質(zhì)的土壤中短期內(nèi)有效。

微生物肥料的使用可以減少化肥的使用。化肥當(dāng)季實(shí)際使用率只有30%到35%左右。其中大部分還沒(méi)有被植物吸收。留在土壤中或沖入水中的化肥會(huì)污染環(huán)境。大宗農(nóng)產(chǎn)品以生物有機(jī)肥為基肥，追肥時(shí)需要使用化肥。化肥和生物有機(jī)肥配合使用可以大大提高化肥的利用率，一般可以提高到70%左右。生物有機(jī)肥的使用還可以提高農(nóng)產(chǎn)品的質(zhì)量。