微生物肥料產品中的菌種類不是越多越好。主要原因是產品中的微生物類型須是能生存功能上互補的。混合后的每個菌種都應保持較高的生存力，不相互拮抗。施于土壤后還能從土壤中分離到一定數量的與微生物肥料制造中相同的菌株。

其次，每種微生物肥料產品中的菌種的功能應該是互補的。將不同功能的菌種結合到一個產品中，實現產品功能的多樣化和應用效果的穩定。一般來說，同一種產品中大約有3種左右的菌種。含有太多菌種的微生物肥料被用于農田。由于土壤生態環境中各種因素的影響，往往存活下來的有效細菌是有限的。

含有過多菌種的微生物菌施用于農田后，能存活并繼續繁殖其菌株的菌株并不等于原來加入的菌株。目前發現有很多盲目的菌種組合，比如把幾種不同功能的芽孢菌放在一個產品中，這樣失去了合理的菌種組合可以拓展應用功能的目的。微生物肥料施用的土壤環境是多樣的，同一種菌肥中存在著功能相同的不同菌株，會表現出不同的存活率。