有機(jī)肥富含有機(jī)質(zhì)和多種養(yǎng)分，具有數(shù)量大、來源廣、養(yǎng)分均衡等優(yōu)點(diǎn) 相反，無機(jī)肥料具有養(yǎng)分含量高、肥效快、使用方便的優(yōu)點(diǎn)，但也有養(yǎng)分單一的缺點(diǎn)。因此，有機(jī)肥的施用通常需要與化肥配合才能有效發(fā)揮其效益。有機(jī)肥和化肥配合使用，可以取長補(bǔ)短，互為優(yōu)勢。有機(jī)肥具有改良土壤、提高土壤肥力、增加產(chǎn)量、改良品質(zhì)等作用。

有機(jī)肥中的主要物質(zhì)是有機(jī)質(zhì)，施用有機(jī)肥增加了土壤中有機(jī)質(zhì)的含量。有機(jī)質(zhì)可以改良土壤的物理、化學(xué)和生物特性，熟化土壤，提高土壤肥力。“地靠糞肥，苗靠糞肥長”的諺語，一定程度上反映了施用有機(jī)肥對改良土壤的作用。有機(jī)肥的施用不僅增加了許多的有機(jī)膠體，而且在微生物的幫助下，許多有機(jī)物分解成有機(jī)膠體，大大增加了土壤的吸附表面，產(chǎn)生了大量的粘性物質(zhì)，使土壤顆粒膠結(jié)成穩(wěn)定的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，提高了土壤的保水、保肥和透氣性，以及調(diào)節(jié)土壤溫度的能力。

有機(jī)肥的施用還能使土壤中的微生物大量繁殖，尤其是許多有益微生物，如固氮菌、氨化細(xì)菌等。有機(jī)肥中有動物消化道分泌的各種活性酶以及微生物產(chǎn)生的各種酶。這些物質(zhì)施入土壤后，可以大大提高土壤的酶活性。多施有機(jī)肥可以提高土壤活性和生物繁殖轉(zhuǎn)化能力，從而提高土壤吸收、緩沖和抗逆能力。