1.選擇合格的微生物肥料。質量低、有效活菌數少、雜菌含量高或過期的產品不能使用。

2.在施肥過程中盡量減少肥料中微生物的消滅。菌肥避免陽光直射，拌種時在陰涼處操作，拌種后及時播種，并立即覆土。一般菌肥不宜與有害農藥、化肥混施。

3.創造適宜的土壤環境。在酸性土壤上施用前應中和土壤酸度。當土壤過于干燥時，應及時澆水。大雨過后，應及時去除田間積水，提高土壤的滲透性。

4.因地制宜推廣應用不同微生物肥料。比如豆科作物要廣泛施用根瘤菌肥，養分潛力大的土壤要施用能釋放磷鉀的微生物肥。

5.開袋后避免長時間使用，注意密封保存，避免菌種流失。如果袋子打開后長時間不使用，可能會有其他細菌侵入袋子，從而改變肥料中的微生物菌群，影響其使用效果。

6.避免在高溫和干旱條件下使用。在高溫干旱條件下，肥料中微生物的生存和繁殖會受到影響，不能發揮良好的作用。因此，應在陰天或晴天的晚上施用，并結合覆土、施肥、澆水等措施。避免微生物肥料受到陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。

7.避免與未完成的農家肥混合。與未分解的有機肥混合時，會因高溫而消滅微生物，影響微生物肥料的發揮。