(1)有機肥所含的營養成分不是全能的。有機肥含有多種養分，相對于養分單一的化肥是優勢，但養分不均衡，不能滿足農作物高產的需要。

(2)有機肥分解慢，肥效晚。有機肥中營養元素含量雖然齊全，但含量較低，在土壤中分解較慢。有機肥用量不大，很難滿足作物對營養元素的需求。

(3)有機肥需要發酵。部分有機肥含有病菌、蟲卵和雜草種子，有些有機肥含有不利于作物生長的有機化合物。因此，它們應該在施用前進行發酵和加工，生糞不能下地。

(4)腐熟有機肥不應與堿性肥料和硝態氮肥混施。