1.生物有機肥須深埋，防止陽光直射消滅微生物。

2.生物有機肥集中在作物根部，在作物根部周圍形成微生物。有益于生態環境，促進作物生長。

3.生物有機肥不應與殺菌劑或其他農藥混合使用，以免影響肥效。

4.微生物肥料的適宜施用時間為清晨和傍晚或陰天無雨，避免陽光照射紫外線消滅微生物。

5.高溫干旱條件下應使用微生物肥料。施用微生物肥料時要注意溫度，濕度變化，在高溫和干旱條件下，微生物的生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮它的功能。

6.微生物肥料不能長時間泡在水里。應該用在水田里進行干濕灌溉，促進微生物活動。有好氣性微生物的產品盡量不要用在水田里。嚴重的干旱會影響土壤微生物的生長繁殖

7.微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但是微生物肥料避免與未腐熟的農家肥混合。與未腐熟的有機肥混合時，會因高溫而消滅微生物影響肥效。同時也要注意避免與過酸或過堿的肥料混合使用。

8.微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學物質會不同程度地控制微生物的生長和繁殖，甚至消滅微生物。不要用混有農藥和殺菌劑的工具裝載微生物。肥料。微生物肥料不宜長期存放，拆封后應及時施用。一次用完，打開包裝袋后，它可能會侵入其他菌，改變微生物菌群，影響其使用效果。

9.注意微生物肥料的肥效條件。微生物肥料的效果受其自身因素的影響如肥料中所含有效菌數等質量因素。并受其他外部因素的制約。如土壤水分、有機質、pH值等。所以微生物肥料從選擇到施用都要注意合理性。