微生物肥料產品中的菌種不是越多越好。造成這種情況的主要原因是產品中的各種微生物都需要生存和功能互補。混合后，各菌株應能保持較高的存活力，且不存在相互拮抗。施入土壤后，可從土壤中分離出一定數量的與微生物肥料生產中相同的菌株。

其次，每個微生物肥料產品中的菌株的功能應該是互補的。將不同功能的菌株組合成一個產品，實現產品功能的多樣化和應用效果的穩定性。一般同一產品大概有三種菌種。含有太多菌種的微生物肥料被應用于農田。由于土壤生態環境中諸多因素的影響，往往存活下來的有效菌是有限的。同時，同一產品的菌種太多，對生產廠家來說不劃算。

含有過多菌種的微生物菌劑施入農田后，能存活并繼續繁殖的菌株不等于原始菌株。施肥的土壤環境多樣，同一菌肥中存在功能大致相同的不同菌株，會表現出不同的存活率。