在農作物種植和城市綠化過程中，由于化肥連年使用、土壤板結，肥料受損，損害了農作物的質量，破壞了生態平衡。而且化肥在制造、儲存、運輸過程中，不斷污染環境，破壞生態平衡，造成相當嚴重的危害。化肥被列為農業的三大污染源之一。作為化肥生產原料和能源，石油資源是有限的，依靠有限的資源難以維持農業的可持續發展。

當人們抱怨東西吃起來沒味道，農民抱怨土地越來越沒有肥力的時候，才發現化肥的不足之處和農藥帶來的危害，這才對微生物肥料有了更加深刻的認識：

微生物肥料其作用主要依靠大量有益微生物的生命活動。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和代謝時，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中的微生物種類和生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其他肥料是基于氮、磷、鉀等為主要元素的形態。由于微生物肥料是一種活制劑，其肥效與活菌的數量、強度和周圍的環境條件密切相關，包括溫度、水分、營養條件、土壤中原生活在土壤中的微生物的排除作用都有一定影響。忽視這些因素，或者把有機肥當微生物肥料賣，是對微生物肥料認識不足的原因。