微生物肥料是由微生物發揮作用的，其有效性取決于優良的菌種、菌劑和有效的施用方法。因此，合理施用微生物肥料的原則是：一，菌肥須有足夠數量的有效微生物；二，創造適合微生物生存的環境條件。

(1)微生物肥料選用須合格，劣質和過期的不能使用。菌肥須在低溫、陰涼、通風和光照條件下儲存，以免失效。

(2)為了盡可能減少微生物的死亡，在使用過程中應盡量避免陽光照射；種植時加水要適當，使種子吸附。種植后播種、覆土不得摻入殺菌劑、碳酸氫銨等堿性肥料。

(3)一般講普通菌肥在酸性土壤中效果較差。需要配合使用石灰、草木灰等，加強微生物的活性。

(4)微生物生長需要充足的水分，但水分過多會造成通風不良，影響好微生物的活動。因此，要注意適時灌溉，保持土壤中適量的水分。

(5)微生物肥料中的微生物大多是好氣性的，如根瘤、自生固氮菌、磷細菌、抗菌等。因此，施用菌肥須配合土壤的改良和合理耕作，保持土壤疏松和良好的通風。