1.復合微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有機殘留物，形成土壤腐殖質。改良土壤結構和物理特性，將植物不能吸收的物質轉化為有效的養分供植物吸收，肥料進入土壤后，微生物在有機質、無機營養元素、水分、溫度的協助減少了有害微生物的生存空間，從而增加了土壤中的有益微生物的數量，大量的有機酸可以部分溶解在磷和鉀元素中，這些元素可以在土壤中沉積多年可以重新吸收，長期使用后土壤會變得疏松肥沃。

2.控制病害，增強抗逆性

復合微生物肥料施入土壤后，有利于在植物根部周圍形成優勢菌群，使病原微生物難以繁殖。復合生物菌可以誘導植物產生有害的微生物過氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等參與植物對有害微生物的防御反應施用復合微生物肥料，使作物生長健壯，增強作物的抗病能力。

3.促進生長，增產增收

復合微生物肥料施入土壤后，有利于土壤中微生物的繁殖，會產生各種對作物有益的代謝產物。這些代謝物可以刺激或調節作物生長，使作物健壯，并達到增產目的。不僅為作物生長提供所需的NPK和中微量元素，而且還能為作物提供有機質和有益微生物活性菌。此外，微生物中的一些細菌還能分泌一些刺激性維生素等。刺激作物生長，使作物更強壯，并改良其營養狀況。

4.養分均衡，配方施肥

養分含量較高，能均衡的供應植物生長所需要的氮、磷、鉀及多種微量元素，養分比例可根據要求對配方進行調整

5.提高質量，改良口味

復合微生物肥料改良作物的營養供給，特別是增加有機質、腐植酸、氨基酸等有機營養物質有利于作物糖分和蛋白的積累，解決了“菜不香果不甜的問題”。施用復合微生物可以降低農產品中硝酸鹽的含量，增加還原糖和維生素c的含量。