微生物肥料當中的微生物菌群施入田間后能迅速生長、發酵、疏松土壤。它不僅提高了土壤的保水能力，而且加速了土壤菌群的生長。

微生物肥料可以促進化肥肥力的釋放，減少化肥的浪費，避免化肥對土壤和環境的污染。因為微生物肥料一般能提高化肥利用率3成左右，能有效減少化肥用量。

微生物肥料是生物有機肥、微生物菌劑和復合微生物肥料的總稱。它含有對作物生長有益的有機質和能改良土壤環境的有益菌。微生物肥料和化學肥料是相輔相成的。